Наиболее яркими особенностями сиамских, бурманских и тонкинских кошек являются окрас и цвет глаз. Регулируются эти показатели аллельным состоянием локуса гена С - color (цвет). Доминантная аллель гена окраса С стимулирует равномерное распределение пигмента по волосяному стеблю, в результате чего каждая шерстинка окрашена полностью, от основания до кончика, одинаково по всему телу кошки. Но в этом же локусе могут располагаться еще четыре мутантные рецессивные аллели гена С, две из которых - сb и cs - присутствуют в генотипе тонкинов. Под влиянием этих аллелей фермент тирозиназа, управляющий синтезом пигмента (окрасом шерсти), становится термочувствительным и активизируется только при пониженной температуре, из-за чего у кошек, гомозиготных по какому-либо из этих двух аллелей, выступающие - «холодные» - части тела (пойнты) окрашены более интенсивно, чем корпус (эффект акромеланизма).

 Ослабление пигментации шерсти отражается и на цвете глаз. Сильнее всего воздействует на термоактивность пигмента аллель cs, в гомозиготной форме являющийся причиной сиамской расцветки шерсти кошек и ярко синего цвета их глаз; слабее - аллель сb, в гомозиготной форме присутствующий в генотипе золотистоглазых бурманских кошек. В результате скрещивания сиамских (cscs) и бурманских (сbсb) кошек рождаются метисы с гетерозиготным набором генов окраса (cbcs). Эти животные сочетают в фенотипе наследственные признаки обоих родителей, но уже в несколько видоизмененной форме: имеют достаточно светлый оттенок основного окраса с едва различимыми (но более контрастными, чем у бурм) пойнтами и очень светлыми зеленовато-голубыми глазами. Именно таковы генотип и внешность у тонкинских кошек. А как отдельную породу их не воспринимали, потому что, как нам известно, в результате скрещивания двух гетерозиготных (в нашем случае - гибридных) животных только 50% потомков будут иметь родительский генотип (cbcs); 25% получат генный комплект сиамов (cscs), еще 25% - комплект бурманских генов (сbсb).